La posizione degli elettrodi è l'elemento fondamentale per la buona riuscita di una elettrostimolazione o per spiegare un risultato parziale o nullo. Tra i due elettrodi si instaura infatti un campo elettrico con una forma che si avvicina ad una mezzaluna. L'obiettivo sarà quello di fargli attraversare la zona della placca motrice, cioè il punto dove i vari motoneuroni si innestano nel muscolo stesso. Ciò perché il nervo neuromotorio è ricoperto di mielina - sostanza isolante, anche se non in assoluto - e si preferisce quindi lavorare nell'unica zona che non ne è ricoperta, la placca motrice.
Normalmente l'elettrodo positivo va posizionato in prossimità della placca motrice. La sua dimensione, quando possibile, deve essere di un terzo della superficie dell'elettrodo negativo, che andrà invece posizionato sull'estremità opposta del muscolo stesso.L'adeguata connessione tra elettrodo e cute è un altro aspetto fondamentale. La superficie di contatto, infatti, non è mai piana, per cui bisogna utilizzare un ottimo gel di conduzione. Il comfort durante la stimolazione è legato alla qualità della conducibilità elettrodo/cute. Nelle zone in cui l'elettrodo non appoggia perfettamente sulla pelle, l'aria o il pelo si interpongono creando un isolamento parziale al passaggio di corrente. La corrente si concentrerà quindi sui punti di contatto e non su tutta la superficie in maniera omogenea. Questa è la spiegazione della sensazione di puntura che a volte si avverte in prossimità dell'elettrodo. Sensazione che sparirà non appena l'elettrodo verrà fissato alla pelle in modo adeguato, anche grazie ad una corretta distribuzione sulla superficie di contatto di gel e/o spray conduttivi. In caso di presenza di pelo abbondante, tali sostanze dovranno essere distribuite soprattutto sotto lo stesso (il pelo è un discreto isolante!).
Un altro problema è rappresentato dagli angoli dell'elettrodo che tendono a rimanere sollevati se vengono bloccati da cinghie elastiche piuttosto che da cerotti che ne racchiudono bene i bordi.
L'utilizzo di elettrodi autoadesivi, che nella parte inferiore hanno un materiale collante conduttore di elettricità, risulta senza dubbio pił comodo, ma tutti questi problemi potrebbero essere accentuati. La conducibilità della colla, infatti, non è ottimale e quindi con programmi di stimolazione che prevedono un elevato passaggio di corrente nell'unità di tempo (per esempio 70/100 Hz con un impulso di 300/400 millisecondi) non garantisce una resa ottimale. A ciò ne consegue che se si sta utilizzando un vero generatore di corrente costante, l'apparecchiatura dovrà interrompere l'erogazione ed avvertire l'utente con un messaggio che segnali il "difetto di elettrodo. La colla, inoltre, con l'utilizzo prolungato di questi elettrodi, tende ad asciugare progressivamente, accentuando l'inconveniente sopra descritto e aumentando la sgradevolezza della stimolazione. L'utilizzo di elettrodi adesivi comporta, quindi, la loro sostituzione con una frequenza piuttosto breve; per contro risulta molto comodo per il trattamento di alcuni gruppi muscolari (addominali, dorsali).
